Coherente con el carisma propio que desarrollan las Hnas. de la Caridad de Santa Ana en diversas partes del mundo y en especial en nuestro país, en el año de 1994 vieron una oportunidad de servicio al prójimo, motivo por el cual se instalan en la urbanización Valdiviezo del distrito de Ate. Esta vivienda se convierte en una casa de acogida de la Congregación para los padres y familiares de las hermanas que llegaban de visita.
Fue por entonces en que la Directora Provincial de la congregación, Hna. Odilia Sepúlveda, tuvo la idea de crear un centro educativo inicial como un proyecto innovador y propio y que a su vez sirva para que las postulantes puedan apoyar a las profesoras y les permita ganar experiencia. Dicho colegio llevaría el nombre de nuestra madre fundadora: María Rafols.
De esta manera, el colegio empieza a funcionar formalmente el 1º de abril de 1994 con 12 niños, entre los 4 y 5 años de edad, cuyas actividades se efectuaban en dos aulas, aunque recién al año siguiente es oficialmente aprobada por el Ministerio de Educación la autorización para el funcionamiento del nivel inicial. La población infantil iba creciendo y era necesario avanzar. Razón por la cual, en el año de 1998 se aprueba la ampliación de funcionamiento para educación primaria.
La familia siguió creciendo y existía la necesidad de cambiar de casa para continuar trabajando. Por ello, el 1º de abril del 2003, la Institución Educativa se traslada a un local mucho más amplio. En dicho local ya empiezan a funcionar todos niveles de escolaridad: Inicial, Primaria y Secundaria.
Desde el primer momento en que la Congregación de las Hermanas de la Caridad de Santa Ana se comprometieron con el desarrollo de su labor pastoral en la comunidad de Valdiviezo, éstas se ven reflejadas en muchas situaciones de la vida diaria de los alumnos, padres, maestros y toda la vecindad. La identificación, respeto y confianza con la comunidad es recíproca y prueba de ello son las promociones egresadas del colegio que no sólo encarnan los valores que nuestra institución predica, sino que son portadoras de la calidad de personas que formamos.